Os cursos de Doutorado da FUCAPE visam atender a objetivos específicos de quem busca uma formação de excelência. O Doutorado Profissional alia discussões técnicas com desafios do mercado para que sejam desenvolvidas pesquisas e análises aplicadas. Já o Doutorado Acadêmico tem foco no desenvolvimento de fundamentos que habilitem o doutorando a se tornar um pesquisador apto a realizar pesquisas teórico-empíricas. Em ambos os programas, o destaque é a contribuição para a expansão do conhecimento e a busca de soluções com metodologias adequadas à solução de diferentes tipos de problemas.